Herbert Eibensteiner studierte Maschinenbau/Betriebswissenschaft an der Technischen Universität Wien, das Studium schloss er 1988 als Diplomingenieur ab.

1989 begann er seine berufliche Laufbahn bei der voestalpine als Betriebsingenieur für Instandhaltung, von 1993 bis 2000 hatte er verschiedene Führungspositionen in den Bereichen Instandhaltung Kaltwalzwerke, Qualitätsmanagement, Arbeitssicherheit und Umweltschutz inne. Im Jahr 2000 wurde er technischer Geschäftsführer der voestalpine Krems GmbH.

Seit 2012 ist er Mitglied des Konzernvorstands der voestalpine AG. In dieser Funktion leitete er zunächst ab 2012 die Metal Forming Division, bevor er im Oktober 2014 von Krems an der Donau nach Linz zurückkehrte und die Leitung der Steel Division übernahm.

Mit Juli 2019 wurde Herbert Eibensteiner zum Vorstandsvorsitzenden der voestalpine AG bestellt.

Seit 2019 ist er zudem Vizepräsident der Industriellenvereinigung Oberösterreich.